卵圓孔在解剖上有兩個(gè)部位，一位于顱底，二位于心房間隔。
顱底蝶鞍的兩側(cè)，各有一個(gè)卵圓孔的結(jié)構(gòu)。其內(nèi)走行的是三叉神經(jīng)的下頜支，鼻咽癌容易侵犯這個(gè)部位。
另一個(gè)解剖上的卵圓孔，位于胚胎時(shí)期左右心房的隔膜處，是一個(gè)開(kāi)放的孔道。血流從右向左流動(dòng)。出生后，卵圓孔就閉合了，有小部分人群沒(méi)有閉合，稱(chēng)之為卵圓孔未閉，屬于先天性心臟疾病。
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